Organisation des données
Organisation des fichiers et données
Lors de cette séance nous allons apprendre:
A organiser les fichiers dans les dossiers
A organiser les données dans un fichier excel afin que ce soit compatible avec leur import dans
RCe que sont R et Rstudio et comment y importer des données
Des bases de codage avec
R
Etre capable de reproduire vos analyses et de les partager avec d’autres qui peuvent aussi les reproduire est essentiel.
Plusieurs scandales montrent l’importance d’une recherche reproductible et transparente:
Une erreur dans un fichier excel qui change la conclusion d’un papier sur le lien entre niveau d’endettement d’un pays et sa croissance
Une erreur de programmation dans un logiciel qui interverti deux colonnes et change ainsi la structure de protéine déduite à partir de données de christalographie. 5 articles ont dû être rétracté à cause de cette erreur
Excel qui change les noms de gènes en date (SEPT2 (Septin 2) en sept-02 ou 01/09/2002)
1. Organisation des fichiers
Adapté de ce cours
Pourquoi organiser ses fichiers et documents?
Vous allez créer beaucoup de documents.
Ils vont changer au cours du temps.
La relation entre les fichiers va aussi changer au cours du temps.
-> Bien organiser et nommer vos fichiers et dossier vous évitera bien des problèmes.
Faites le pour vous, et surtout votre future vous (qui a déjà eu des difficulté à retrouver un ancien fichier?), et aussi pour vos collègues, collaborateurs et encadrants.
Comment organiser ses fichiers et documents?
Bien organiser ses fichiers
La manière dont vous allez organiser vos fichiers va dépendre du type de données que vous générez pour votre projet. Il n’y a donc pas de solution universelle, mais vous pouvez suivre les principes suivants pour que quelqu’un qui n’est pas familier avec votre projet puisse comprendre ce que vous avez fait en regardant vos documents. A contrario une mauvaise organisation des fichiers et documents peut rendre votre tache plus difficile.
Principes clés:
Décidez de la structure des fichiers et sous-fichiers avant de commencer le projet
Gerdez tous les documents d’un projet dans le même fichier
Garder les données brutes séparémment et ne les changez jamais (faites un copie que vous pouvez modifier)
Incluez un document README qui contient une courte description des différents documents ainsi que les métadonnées et autres information
Exemple de structure d’un projet
Bien nommer ses documents
Les principes principaux pour nommer vos documents et qu’ils doivent être:
Des documents lisibles par un ordinateur
C’est important pour pouvoir facilement chercher (et trouver!) des documents d’intérêt, filtrer des documents en fonction de leur nom et extraire des informations utiles à partir du nom du document.
Pour cela:
ordonnez les éléments dans le nom du document du plus général au plus spécifique
évitez les caractères spéciaux comme
* : \ / < > | " ? [ ] ; = + & £ $Ne mettez pas d’espaces pour séparer les éléments dans le nom du document
choisissez une convention et tennez vous y:
toutenminuscule, exemple: adjustcolor
separe.par.un.point, exemple: plot.new
separe_par_un_tiret_bas, exemple: numeric_version
camelCase ou CamelCase, exemple: addTaskCallback ou SignatureMethod
Des documents lisibles par un humain
Des noms de documents lisibles par des humains doivent:
contenir des information sur ce que le document contient
éviter d’utiliser des abbréviations et codes qui ne sont pas connus de tous
être courts et avoir du sens
Des documents ordonnés de manière logique dans vos fichiers
Afin que les documents soient ordonnés de manière logique dans vos fichiers, commencez le nom du document avec un prefixe qui assure un ordonnancement alphabétique qui est logique pour vous. Par exemple:
utilisez un préfixe numérique, en s’assurant d’utiliser un zeo à gauche, par exemple 01 au lieu de 1
utilisez un format de date standard de type AAAA-MM-JJ
Ajouter version control?